Η θέση οδήγησης του Vario αποδεικνύει ότι η Honda δίνει μεγάλη σημασία στην εργονομική μελέτη των μοντέλων της. Παρά το ότι το μικρό μέγεθος του scooter επηρεάζει κατά τι τους διαθέσιμους χώρους (κυρίως για πιο μεγαλόσωμους αναβάτες), το τρίγωνο σέλας-τιμονιού-μαρσπιέ ορίζεται σε αναμενόμενα επίπεδα, τοποθετώντας τον αναβάτη σε όρθια στάση. Το τιμόνι είναι αρκετά στενό και σχετικά χαμηλά ως προς τον κορμό, δημιουργώντας ανεμπόδιστη ορατότητα προς τα εμπρός αλλά και την εντύπωση ότι βρίσκεσαι… πάνω στον μπροστά τροχό! Το πάτωμα –που, σημειωτέον, είναι επίπεδο επιτρέποντας και την μεταφορά αντικειμένων- φιλοξενεί τα πέλματα ενός «μέσου» αναβάτη άνετα και ο χώρος για τα πόδια επαρκεί, αλλά οι ψηλότεροι θα ενοχληθούν στα γόνατα, κάτι μάλλον αναμενόμενο στην περίπτωση.
Η σέλα έχει ικανοποιητικές διαστάσεις, δίνοντας στον αναβάτη την δυνατότητα μετακίνησης κατά μήκος ώστε να βρει την ιδανική θέση. Το αφρώδες της τείνει προς το σκληρό, όμως δεν θα προβληματίσει σε αστικές διαδρομές που, ούτως ή άλλως, σπάνια ξεπερνούν την μία ώρα συνεχόμενης οδήγησης. Για τον συνεπιβάτη, τα επίπεδα άνεσης είναι παρόμοια και η δυνατότητα κατά μήκος μετακίνησης του στην σέλα εξακολουθεί να υπάρχει. Παράλληλα, οι ευμεγέθεις χειρολαβές φροντίζουν για την σωστή στήριξη του.
Ο βασικός αποθηκευτικός χώρος του Vario βρίσκεται κάτω από την σέλα και είναι αρκετά μεγάλος, ώστε να χωρέσει ένα full-face κράνος με ευκολία. Στην ποδιά, υπάρχει γάντζος για στήριξη τσαντών και άλλων παρεμφερών, ενώ δύο θήκες στην ποδιά προσφέρουν δυνατότητα αποθήκευσης για μικροαντικείμενα. Οι ενδείξεις απεικονίζονται μέσω μιας LCD οθόνης η οποία περιλαμβάνει όλες τις απαραίτητες πληροφορίες. Στις ενδείξεις συμπεριλαμβάνεται μάλιστα, και μετρητής «οικονομίας καυσίμου», ο οποίος απεικονίζει τα χιλιόμετρα που το Vario μπορεί να διανύσει με ένα λίτρο καυσίμου, σε πραγματικό χρόνο κατά την οδήγηση. Όσο πιο μεγάλη είναι η ένδειξη, δηλαδή, τόσο οικονομικότερα οδηγείτε το Vario! Στον στάνταρ εξοπλισμό του scooter περιλαμβάνεται και συναγερμός, που λειτουργεί με τηλεχειριστήριο κατά βούληση του αναβάτη. Το χειριστήριο αυτό, πέρα από τα πλήκτρα ενεργοποίησης και απενεργοποίησης του αντικλεπτικού, φέρει και λειτουργία «Answer Back», που διευκολύνει τον εντοπισμό του σταθμευμένου scooter σε σκοτεινά ή πολυπληθή σημεία.