Νέο φέρινγκ για την έκδοση S2 πιο αιχμηρό και επιθετικό από του απλού μοντέλου.
Η δύο εκδόσεις του FZ6, απλή και S2 πέρα από την διαφορά στην απόδοση των κινητήρων τους διαφοροποιούνται και σε άλλα σημεία. Ένα από αυτά είναι και η αισθητική. Η απλή έκδοση του FZ6 ακολουθεί τις χρωματικές επιλογές του μοντέλου του 2004 και συνεπώς το πλαίσιο και το ψαλίδι δεν είναι βαμμένα μαύρα αλλά επανήλθε το πραγματικό και καμουφλαρισμένο, αντίστοιχα χρώμα του αλουμινίου. Η επόμενη διαφοροποίηση από το περσινό μοντέλο είναι το κάλυμμα της σέλας. Το υπόλοιπο σύνολο παραμένει ίδιο δίχως να δείχνει ξεπερασμένο. Το νέο μοντέλο στην σειρά των FZ6, S2 έχει διαφοροποιηθεί στα σημεία για να τονιστεί περισσότερο το επιθετικό ύφος του συνόλου. Πλαίσιο και ψαλίδι διατηρούν το μαύρο ‘’κακό’’ χρώμα του περσινού μοντέλου και είναι το πρώτο εύκολο χαρακτηριστικό που ξεχωρίζουν τα δύο μοντέλα. Το μούτρο είναι διαφοροποιημένα ελαφρά καταλήγοντας πιο χαμηλά και είναι και πιο αιχμηρό. Το φτερό εμπρός ακολουθώντας το υπόλοιπο σύνολο είναι καινούργιο για τέρψη του οφθαλμού και καλύτερη αεροδυναμική. Ο πίνακας οργάνων είναι ο ίδιος που χρησιμοποιεί και το FZ1, πιο ευανάγνωστος από του απλού μοντέλου, δίχως όμως την φουτουριστική νώτα του τελευταίου. Η σέλα διαθέτει καινούργιο αφρώδες στο εσωτερικό της και καινούργια ταπετσαρία. Τα μαρσπιέ του συνεπιβάτη είναι βιδωμένα πάνω στο υποπλαίσιο και όχι κολλημένα, είναι κατασκευασμένα από αλουμίνιο και παρέχουν σύμφωνα με την Yamaha καλύτερη εργονομία..