Ο κινητήρας αποτελεί σίγουρα το πιο ενδιαφέρον στοιχείο πάνω στο Ninja 300R. Ο υγρόψυκτος δικύλινδρος κινητήρας των 296 κ.εκ. δεν είναι μόνο ισχυρότερος, αλλά και βελτιωμένος στη λειτουργία του. Χάρη σε όλες τις αλλαγές που έχει δεχθεί είναι περισσότερο ανθεκτικός, ελαφρύτερος, πιο αξιόπιστος και πιο εύκολος σε συντήρηση. Καλύτερη είναι και η λειτουργία του ψεκασμού, χάρη σε λύσεις που προήλθαν από τα ZX-6R και ZX-10R.
Το βασικότερο, όμως, είναι πως είναι βελτιωμένος σε λειτουργία σε όλο το φάσμα των στροφών. Η ισχύς – και ιδιαίτερα η ροπή – είναι καλύτερα απλωμένη και η διαφορά είναι περισσότερο φανερή στις υψηλές στροφές λειτουργίας.
Οι υπεύθυνοι της Kawasaki, όμως, δεν έμειναν εκεί. Έκαναν κάποιες μετατροπές και στο κιβώτιο ταχυτήτων. Αναλυτικότερα, αμφότερες η πρώτη και η έκτη ταχύτητα έγιναν πιο μακριές, με αποτέλεσμα το Ninja να εμφανίζεται βελτιωμένο και στις εξαιρετικά χαμηλές, αλλά και στις υψηλές ταχύτητες.
Τέλος, το Ninja 300R διαθέτει κι ένα στοιχείο που δεν έχουμε ξαναδεί σε μοτοσικλέτα τόσο μικρού κυβισμού. Ο μονόδρομος συμπλέκτης ομαλοποιεί το φρενάρισμα του κινητήρα, κατά το κατέβασμα σχέσης, όσο απότομο κι αν είναι αυτό. Βέβαια, σε μικρές μοτοσικλέτες, όπως το Ninja, αυτό αποτελεί περισσότερο επιταγή του μάρκετινγκ παρά ουσιαστικό βοήθημα, ωστόσο, δε θα με ακούσετε να παραπονιέμαι για αυτό!