Στον τομέα της πέδησης, τα δύο παπιά διαθέτουν παρόμοια συστήματα: δίσκο 220 χιλ. και ταμπούρο 130 χιλ. το Yamaha Crypton και δίσκο 196 χιλ. και ταμπούρο 110 χιλ. το Kawasaki Joy R. Λογικά, λοιπόν, παρόμοιες είναι και οι επιδόσεις τους σε αυτόν τον τομέα, με κάποιες μικρές διαφορές να ενισχύουν το Crypton. Το Kawasaki έχει αρκούντως δυνατά φρένα για τις αστικές αποστολές του, με το ισχυρό μπροστινό να σηκώνει το μεγαλύτερο βάρος και να αφήνει το πίσω σε υποστηρικτικό ρόλο. Ωστόσο, αυτό παρουσιάζει ένα αρνητικό στις μεγάλες ταχύτητες. Εκεί το πιρούνι θα δείξει κάποιες αδυναμίες στο απότομο φρενάρισμα και το πίσω φρένο δεν θα καταφέρει να το "ξαλαφρώσει" σε μεγάλο βαθμό. Από την άλλη, το πίσω φρένο του Υamaha είναι ισχυρότερο και προσφέρει μεγαλύτερη υποστήριξη στο -ούτως ή άλλως- ισχυρό μπροστινό. Τέλος, στον τομέα της αίσθησης, τα συστήματα πέδησης των δύο παπιών είναι ισάξια, με του Joy R να υπολείπεται ελάχιστα, εξαιτίας της μεγάλης διαδρομής του πεντάλ του πίσω φρένου.
Το μπροστινό φρένο του Joy αναλαμβάνει το βασικότερο βάρος στο φρενάρισμα και τα καταφέρνει μια χαρά, αν και φορτίζει εύκολα το πιρούνι.
Αντίθετα, το Yamaha έχει μεγαλύτερη βοήθεια από το πίσω φρένο, το οποίο είναι ισχυρότερο και καλύτερο από αυτό του Joy R.