Το γνωστό αλουμινένιο Deltabox πλαίσιο της Yamaha (το οποίο πρόσφατα έκλεισε τα 40 χρόνια) βρίσκεται και στο MT-09, φέροντας μαζί του και ένα ξεχωριστό τμήμα υποπλαισίου από χυτό αλουμίνιο. Συμβάλλει στη διατήρηση του βάρους χαμηλά, καθώς το MT-09 με γεμάτο το ντεπόζιτο των 14 λίτρων δεν ξεπερνάει τα 193 κιλά.
Στις αναρτήσεις συναντάμε ένα πλήρως ρυθμιζόμενο ανεστραμμένο πιρούνι 41mm της Kayaba, το οποίο έχει διαδρομή 130mm και ένα μονοσόκ αμορτισέρ της ίδιας εταιρείας, πλήρως ρυθμιζόμενο με διαδρομή 127mm με μοχλικό στο πίσω μέρος. Το φρενάρισμα αναλαμβάνουν δύο δίσκοι 298mm με τετραπίστονες δαγκάνες και μια ακτινική αντλία της Brembo στο μπροστινό μέρος, ενώ πίσω έχουμε έναν δίσκο 245mm με μονοπίστονη δαγκάνα. Το όλο σύστημα επιβλέπεται από δικάναλο ABS, το οποίο μπορεί να απενεργοποιηθεί στον πίσω τροχό. Ένα ακόμα σύστημα ασφαλείας που έρχεται στο νέο MT-09 είναι το ESS (σύστημα ειδοποίησης έκτακτου φρεναρίσματος), το οποίο ανάβει τα αλάρμ σε περίπτωση απότομου φρεναρίσματος, ώστε να ειδοποιήσει τα οχήματα που ακολουθούν. Οι μετρήσεις μας έδειξαν ότι το Yamaha MT-09 χρειάστηκε 42,6 μέτρα για να ακινητοποιηθεί από τα 100 χλμ./ώρα
