Οι σημαντικότερες αλλαγές πάνω στο νέο R6 είναι δύο, με την πρώτη να αφορά στον κινητήρα. Οι τεχνικοί της Yamaha, αν και διέθεταν τον πιο αποδοτικό κινητήρα της κατηγορίας, δεν έμειναν άπραγοι και φρόντισαν ώστε να τον βελτιώσουν ακόμα περισσότερο και να απλώσουν, έστω και λίγο, την απόδοσή του. Όπως και στο περσινό R1, το νέο R6 διαθέτει το σύστημα μεταβλητής εισαγωγής YCC-I (Yamaha Chip Control Intake) που φροντίζει ώστε να ενισχυθούν οι τιμές της ροπής και η απόκριση δίχως να αλλοιώνεται το νούμερο της μέγιστης ιπποδύναμης. Το YCC-I που προστέθηκε στο φετινό μοντέλο συνεργάζεται με το YCC-T (Yamaha chip control throttle) που προϋπήρχε από πέρσι αλλά έχει αναθεωρήσει τις λειτουργίες του για την καλύτερη συνεργασία και τα νέα δεδομένα του κινητήρα. Η συμπίεση είναι η μεγαλύτερη σε μοτοσικλέτα της Yamaha, μιας και έχει αυξηθεί στα 13,1 από 12,8:1. Τα έμβολα έχουν νέο σχήμα στο πάνω μέρος τους, ενώ τα ρουλεμάν των μπιελών είναι μεγαλύτερα για μεγαλύτερη κατανομή των πιέσεων και καλύτερη λίπανση. Τα ελατήρια των βαλβίδων είναι καινούργια και περισσότερο ανθεκτικά, ενώ και ο τεντωτήρας της καδένας των εκκεντροφόρων διαθέτει επιφάνεια από καρβύδιο και αναθεωρημένη τάση ώστε να μειωθούν οι απώλειες λόγω τριβών. Ο σωλήνας της γέφυρας του συστήματος εξαγωγής είναι μεγαλύτερος κατά 30% για περισσότερη ροπή, ενώ το φιλτροκούτι και η εισαγωγή αέρα έχουν διαφορετικό σχήμα ώστε η ροή του αέρα να γίνεται ανεμπόδιστα.