Σε αλλαγές που τελειοποιούν την ήδη πετυχημένη συνταγή του FJR 1300 προχώρησε η Yamaha για το 2016. Σημαντικότερη εξ αυτών, το νέο επανασχεδιασμένο κιβώτιο έξι σχέσεων.
Ομάδα που κερδίζει δεν την αλλάζεις -τουλάχιστον όχι ριζικά- και αυτή ήταν η κατεύθυνση που επέλεξε η Yamaha για το FJR 1300 του 2016. Η GT ναυαρχίδα που αισίως φέτος κλείνει τα 13 χρόνια στην παραγωγή, έχει δημιουργήσει το δικό της φανατικό κοινό και χαίρει της εκτίμησης της συντριπτικής πλειοψηφίας των μοτοσικλετιστών, όντας μια από τις πιο ολοκληρωμένες και ισορροπημένες προτάσεις της κατηγορίας.
Το νέο επανασχεδιασμένο κιβώτιο του FJR 1300 είναι πλέον 6 ταχυτήτων, προκειμένου ο αναβάτης να έχει μεγαλύτερη ευχέρεια εκμετάλλευσης του ωφέλιμου εύρους απόδοσης του κινητήρα. Για αυτό το λόγο, οι μηχανικοί της Yamaha έχουν προβεί σε αλλαγές στον λόγο των ταχυτήτων, με τις κοντές σχέσεις να μακραίνουν και τις μακριές να κονταίνουν.
Επιπρόσθετα, τοποθετήθηκε επίσης ένας υποβοηθούμενος συμπλέκτης ολίσθησης, οποίος πέραν της πιο μαλακής και εύκολης λειτουργίας του, αποτρέπει τα μπλοκαρίσματα του πίσω τροχού, στα απότομα κατεβάσματα.
Μικρές σχεδιαστικές αλλαγές υπάρχουν στη μάσκα και στην ουρά, όπου πλέον όλα τα φώτα της μοτοσικλέτας είναι LED, ενώ έχει προστεθεί και σύστημα cornering light. Μια συστοιχία έξι LED λαμπτήρων πάνω από τα κυρίως φώτα της μοτοσικλέτας, κινούνται με σερβομηχανισμό φωτίζοντας το εσωτερικό των στροφών το βράδυ. Τον έλεγχο τους αναλαμβάνει μια υπολογιστική μονάδα, λαμβάνοντας δεδομένα που αφορούν στην κλίση της μηχανής.
Τέλος, οι αλλαγές του FJR 1300 για το 2016, ολοκληρώνονται με τον επανασχεδιασμό του πίνακα οργάνων, με το αναλογικό στροφόμετρο και την κεντρική ψηφιακή οθόνη, να έχουν πλέον πιο "sporty" look.
Οι εκδόσεις του FJR 1300 παραμένουν ως έχουν, δηλαδή "A" ως standard και "ES" για το μοντέλο με τις ηλεκτρονικά ρυθμιζόμενες αναρτήσεις.