Ο ολοκαίνουριος εν σειρά δικύλινδρος κινητήρας με τα δύο ψυγεία -βεντιλατέρ και στα δύο-, σχεδιάστηκε με στόχο την αντοχή, την οικονομική λειτουργία και τη φιλική απόδοση τόσο στην άσφαλτο όσο και στο χώμα. Η Honda επέλεξε αυτή τη διάταξη για το μοτέρ της νέας της μοτοσικλέτας και όχι ένα V2 όπως είχε η προηγούμενη Africa καθώς έτσι μπόρεσε να συγκεντρώσει πιο εύκολα τα βαριά εξαρτήματα (π.χ. μπαταρία) κοντά στο κέντρο βάρους αλλά και να αυξήσει την απόσταση της μοτοσικλέτας από το έδαφος, χωρίς να ψηλώσει υπερβολικά η μοτοσικλέτα.
Για την κεφαλή του κινητήρα οι μηχανικοί της Ηonda δανείστηκαν τη σχεδίαση εκείνης των CRF250-450R κύριο γνώρισμα της οποίας είναι οι συμπαγείς διαστάσεις. Ένας ελαφρύς χυτός εκκεντροφόρος – από τα ίδια υλικά με εκείνα του CBR1000RR Fireblade – ελέγχει τις βαλβίδες, ενώ για την ανάφλεξη του μίγματος κάθε θάλαμος φέρει δύο μπουζί για βελτιστοποιημένη καύση. O κινητήρας φέρει δύο αντικραδασμικούς άξονες οι οποίοι χρησιμοποιούνται επίσης και για την κίνηση των αντλιών του λαδιού και του νερού, μια έξυπνη λύση που χρησιμοποιείται και στα NC και μειώνει τα επιπλέον κινούμενα μέρη. Άλλη μια έξυπνη λύση είναι η ενσωμάτωση της αντλίας του νερού μέσα στο καπάκι του συμπλέκτη, κάτι που μειώνει τη διαδρομή που διανύει το υγρό, άρα και το μήκος των σωληνώσεων-διόδων, άρα και το βάρος. Παράλληλα η λεκάνη του λαδιού έχει ενσωματωθεί στο κάτω μέρος του στροφαλοθάλαμου, μία λύση που βοηθά στο να μειωθεί περαιτέρω το ύψος του κινητήρα και να μεγαλώσει η απόσταση της μοτοσικλέτας από το έδαφος.
Τέλος, το εξατάχυτο μηχανικό κιβώτιο χρησιμοποιεί την ίδια σχεδίαση αλλαγής σχέσεων που γνωρίζουμε από τα CRF250R/450R για ευκολότερες και πιο ακριβείς αλλαγές, διαθέτει σύστημα υποβοήθησης για τη μανέτα, ενώ ο συμπλέκτης είναι μονόδρομος.