Ο νέος κινητήρας του CBR είναι ελαφρύτερος, μικρότερος και πιο δυνατός.
Ο κινητήρας του CBR ήταν ένα ακόμα τμήμα της μοτοσικλέτας που οι μηχανικοί της Honda έκαναν πολλές επεμβάσεις ακολουθώντας το κόνσεπτ του νέου CBR. Από τον κινητήρα και το σύστημα εξαγωγής η Honda κέρδισε 4,5 κιλά, κάτι όχι και τόσο εύκολο με τα κατώτατα όρια βάρους του περσινού μοντέλου. Η αναπνοή του κινητήρα στο νέο CBR γίνεται καλύτερα, μιας και ο αυλός του ram air πλέον είναι σε ευθεία γραμμή με το φιλτροκούτι, ενώ και το φίλτρο αέρα έχει λίγο μεγαλύτερο όγκο. Τα δύο μπεκ, για κάθε σώμα ψεκασμού, ένα πριν και ένα μετά την πεταλούδα, στην τροφοδοσία παραμένουν αλλά διαθέτουν 12 οπές για καλύτερη διασπορά του καυσίμου. Για να επιτευχθεί το μικρότερο δυνατό βάρος αλλά και η ευστροφία του κινητήρα (το όριο περιστροφής ανέβηκε 500 σ.α.λ. με τον κόφτη να ενεργοποιείται στις 15.000) έπρεπε τα μηχανικά μέρη να είναι όσο το δυνατόν ελαφρύτερα. Συνεπώς, η Honda, σε αντίθεση με τον ανταγωνισμό, δε χρησιμοποίησε σύστημα μονόδρομου συμπλέκτη που θα πρόσδιδε βάρος. Φυσικά δεν αδιαφόρησε για το φρένο του κινητήρα στο κλείσιμο του γκαζιού και έτσι έβαλε ένα σύστημα στην τροφοδοσία (IACN) όπου και μειώνει την έντονη επιβράδυνση του κινητήρα. Τα έμβολα έχουν νέα επίστρωση αλλά και τα ελατήρια τους είναι λεπτότερα για μειωμένες τριβές. Επιπλέον, οι τεχνικοί της Honda εφοδίασαν και με ένα ακόμα ηλεκτρονικό βοήθημα τον κινητήρα που αλλάζει το αβάνς ώστε ο κινητήρας ακόμα και με καύσιμο μικρής περιεκτικότητας οκτανίων να μην παρουσιάζει το φαινόμενο πρόωρης καύσης (πιράκια). Ο κινητήρας διαθέτει νέα μπεκ ψεκασμού του λαδιού για την αποτελεσματικότερη λίπανσή του. Το μήκος του κινητήρα μίκρυνε, μιας και η Honda αποφάσισε να υιοθετήσει την τεχνική που πρώτη η Yamaha στο R1 είχε εφαρμόσει και έτσι οι άξονες του κιβωτίου ταχυτήτων είναι ο ένας πάνω στον άλλον και όχι στη σειρά. Το αποτέλεσμα σε απόδοση είναι η ενίσχυση στις μεσαίες σ.α.λ. αλλά και μια μικρή αύξηση της μέγιστης ισχύος.