Οι αλλαγές στην “καρδιά” του νέου Ζ είναι σαρωτικές.
Η αρχιτεκτονική του τετρακύλινδρου μοτέρ δε διαφοροποιήθηκε, ωστόσο οι αλλαγές που δέχτηκε είναι πολλές, σε βαθμό που πραγματικά μεταμόρφωσαν τη λειτουργία του, ενώ παράλληλα το συμμόρφωσαν με τις προδιαγραφές Euro III. Η μέγιστη ιπποδύναμη μειώθηκε κατά 2 ίππους (“πέφτοντας” στους 125 στις 10.000 σ.α.λ.), ενώ η αντίστοιχη ροπή αυξήθηκε στα 10,1 kgm (από 9,6) και κάνει την εμφάνισή της στις 8.200 σ.α.λ.. Στόχος ήταν η ενίσχυση της απόδοσης στο χαμηλομεσαίο φάσμα και γι’ αυτό τοποθετήθηκαν εκκεντροφόροι με νέο προφίλ, βαλβίδες μικρότερης διαμέτρου (κατά 0,5 χιλ.), νέα μικρότερα σώματα ψεκασμού (36 χιλ. από 38), διαφορετικό σύστημα εξαγωγής (4 σε 2 σε 1 σε 2 από 4 σε 2 σε 4), άλλαξαν οι σχέσεις κιβωτίου και βάρυνε (κατά 7%) ο στροφαλοφόρος. Αποτέλεσμα είναι ένας ολοζώντανος κινητήρας από τις 2.000 σ.α.λ. με απολαυστικές μεσαίες. Η ενίσχυση, βέβαια, της δύναμης στα χαμηλά συνοδεύτηκε από “θυσία” της τετρακύλινδρης έκρηξης μετά τις 8.000 σ.α.λ., αλλά το γεγονός αυτό εντάσσεται στα πλαίσια της νέας, πιο φιλικής φιλοσοφίας του Z 1000. Οι αλλαγές όμως δεν εξαντλούνται εδώ. Νέες είναι οι κάσες των κυλίνδρων που σε συνδυασμό με την επανασχεδιασμένη αντλία λαδιού μείωσαν τις μηχανικές τριβές, τα μπουζί είναι πλέον ιριδίου, ενώ το νέο ψυγείο είναι πιο ελαφρύ και ταυτόχρονα πιο αποδοτικό. Επανασχεδιασμένο είναι επίσης το κιβώτιο, αλλά και ο συμπλέκτης, εξασφαλίζοντας ομαλές, σαφείς και αθόρυβες αλλαγές ταχυτήτων.