Τα φρένα είναι ίσως το σημείο όπου τα δύο street fighter έρχονται πιο κοντά μεταξύ τους. Δύο δίσκοι 320 χιλ. μπροστά με 4πίστονες δαγκάνες για το FZ1 και… μία από τα ίδια και για το R. Η πρώτη διαφορά εντοπίζεται στη διάμετρο του πίσω δίσκου για το BMW, ο οποίος, στα 265 χιλ., είναι κατά 20χιλ. μεγαλύτερος από τον αντίστοιχο του Yamaha. Διαφορά υπάρχει και στο ότι τα φρένα το γερμανικού μοντέλου είναι μερικώς συνδυαζόμενα, κάτι που γίνεται μερικές φορές αισθητό και από τις αναπηδήσεις του πεντάλ του πίσω φρένου, όταν πιέζεται και η μανέτα, αφού η τελευταία ενεργοποιεί την πίσω δαγκάνα. Εκεί που οι απόψεις συγκλίνουν ξανά είναι το ABS, ένα στοιχείο που φέρουν και οι δυο τους. Χωρίς αμφιβολία και τα δύο συστήματα είναι άκρως αποτελεσματικά και επιβραδύνουν τις μοτοσικλέτες με απόλυτη ασφάλεια, ενώ για τη χρησιμότητα του ABS τα λόγια είναι περιττά… Ωστόσο, η αίσθηση της μανέτας και για τα δύο δεν είναι αυτή που περιμέναμε. Ειδικά τα φρένα του FZ1, έχουν χάσει κάτι από το αρχικό τους δάγκωμα σε σχέση με το μοντέλο χωρίς το ABS, απόρροια της μεγαλύτερης διαδρομής των σωληνώσεων, η αίσθηση όμως παραμένει σε καλά επίπεδα.