Στον κινητήρα αυτό καθαυτό έχουμε μόνο την εναρμόνιση με τους κανονισμούς Euro5+ που αποτελεί αλλαγή σε σχέση με το προηγούμενο μοντέλο (του 2023). Στην καρδιά του MT-09 βρίσκεται ο CP3 κινητήρας που έκανε το ντεμπούτο του με το πρώτο ΜΤ-09 το 2014 και πρόκειται για έναν υγρόψυκτο, τετραβάλβιδο, τρικύλινδρο εν σειρά κινητήρα 890cc με δύο επικεφαλής εκκεντροφόρους. Η απόδοσή του φτάνει τους 119 ίππους στις 10.000 σ.α.λ. και τα 93 Nm ροπής στις 7.000 σ.α.λ. Μια μονάδα IMU 6 αξόνων – που προέρχεται από την R1 – ελέγχει όλα τα ηλεκτρονικά βοηθήματα, που περιλαμβάνουν TractionControl, Slide Control και σύστημα αντισούζας (Lift Control System) και μπορούν να ρυθμιστούν σε 3 θέσεις, καθώς και να απενεργοποιηθούν. Υπάρχουν 5 Riding Modes (Sport, Street, Rain, Custom 1, Custom 2), με τα δύο τελευταία να μπορούν να παραμετροποιηθούν από τον αναβάτη. Ακόμη, παρόν είναι το BSR (Back Slip Regulator), το οποίο αναλαμβάνει να προσαρμόσει το επίπεδο της παραγόμενης ροπής σε περίπτωση μπλοκαρίσματος του πίσω τροχού λόγω απότομου και υπερβολικού φρένου κινητήρα (στα κατεβάσματα). Το μεγάλο όμως νέο που αφορά αυτή την έκδοση του MT-09 είναι φυσικά η υιοθέτηση του Y-AMT, δηλαδή του αυτόματου κιβωτίου. Ζυγίζει μόλις 2,8 κιλά, ενώ η τοποθέτησή του εντός της υπάρχουσας διάταξης του κινητήρα και του πλαισίου του δίνει μια άνευ προηγουμένου ευελιξία τοποθέτησης. Δύο ηλεκτρικοί ενεργοποιητές (συμπλέκτη και κιβωτίου) χρησιμοποιούνται για να πάρουν τη θέση του χεριού και του ποδιού του αναβάτη αντίστοιχα για να αλλάξουν τις ταχύτητες, ενώ ο αναβάτης μπορεί να επιλέξει μεταξύ δύο προγραμμάτων αυτόματης αλλαγής, το D και το D+, με το πρώτο να είναι στοχοπροσηλωμένο στην πιο οικονομική οδήγηση (ομαλότερες αλλαγές σε χαμηλότερες στροφές), ενώ το δεύτερο στοχεύει σε πιο σπορ επιδόσεις, κρατώντας τις στροφές ψηλότερα και αλλάζοντας ταχύτητες στο πιο ωφέλιμο εύρος ροπής. Φυσικά ο αναβάτης μπορεί να αλλάξει και ο ίδιος ταχύτητες, με τη Manual λειτουργία του κιβωτίου (αλλάζει από ένα κουμπί στο δεξί μέρος του τιμονιού). Σε αυτή τη λειτουργία ένας see-saw μοχλός στο αριστερό χέρι παίρνει το ρόλο του λεβιέ στο πόδι, με το + και το - να ανεβάζουν και να κατεβάζουν σχέσεις αντίστοιχα. Μάλιστα αυτές μπορούν να αλλαχθούν και μόνο από το ένα δάχτυλο και το “πλήκτρο” +, σπρώχνοντάς το προς τα εμπρός και εδώ αξίζει να σημειωθεί ότι η αλλαγή απαιτεί μόλις 10 χιλιοστά του δευτερολέπτου για να πραγματοποιηθεί - εμφανώς λιγότερος χρόνος από ότι απαιτείται με τον “παραδοσιακό” συμπλέκτη. Οι μετρήσεις μας έδειξαν ότι η MT-09 YAMT χρειάζεται μόλις 3,78” για να πιάσει τα 100 χλμ από στάση και 3,5” για να επιταχύνει από τα 60 στα 120 χλμ., ενώ στον τομέα της κατανάλωσης το αυτόματο κιβώτιο απέδειξε την οικονομική του φύση, με την μέση κατανάλωση να φτάνει τα 5,1 λίτρα ανά 100 χλμ.