Ίσως το πιο σημαντικό από τα νέα στοιχεία που εισάγει το Integra είναι το αυτόματο κιβώτιο DCT, το οποίο χρησιμοποιεί δύο συμπλέκτες όπως τα αντίστοιχα των αυτοκινήτων.
Το DCT κιβώτιο χρησιμοποιεί δύο συμπλέκτες για την ταχύτερη αλλαγή των σχέσεων και αποτελεί μία εξελιγμένη και ταυτόχρονα χαμηλότερου κόστους εκδοχή του κιβωτίου που χρησιμοποιεί το VFR 1200. Ο αναβάτης έχει στη διάθεσή του τρεις διαφορετικές λειτουργίες εκ των οποίων η μία είναι η πλήρως χειροκίνητη. Στο αυτόματο mode υπάρχει η στάνταρ επιλογή (D) για χρήση στην πόλη και τον αυτοκινητόδρομο. Η επιλογή S επιτρέπει στον κινητήρα να ανεβάσει περισσότερες στροφές πριν το κιβώτιο προχωρήσει σε αλλαγή σχέσης κάτι που επιτρέπει την πλήρη εκμετάλλευση της ισχύος. Σε αυτή την εκδοχή του το κιβώτιο ταχυτήτων επιτρέπει την χειροκίνητη επιλογή σχέσεων και στην αυτόματη λειτουργία. Για παράδειγμα ο αναβάτης μπορεί να κατεβάσει κατά βούληση μία ταχύτητα σε περίπτωση που θέλει να προσπεράσει στον μικρότερο δυνατό χρόνο με το κιβώτιο να επανέρχεται σε πλήρως αυτόματο mode μετά την ολοκλήρωση της προσπέρασης.