Η μονάδα που κινεί το CB 650R παραμένει ίδια με την προηγούμενη γενιά, και πρόκειται για έναν υγρόψυκτο, τετρακύλινδρο εν σειρά κινητήρα 649cc, με 4 βαλβίδες ανά κύλινδρο και δύο επικεφαλής εκκεντροφόρους. Η απόδοσή του φτάνει τους 95,2 ίππους στις 12.000 σ.α.λ. και τα 63 Nm ροπής στις 9.500 σ.α.λ., με ένα σεβαστό ποσό αυτής να έρχεται από χαμηλά. Τα πολλά ηλεκτρονικά «καλούδια» λείπουν όμως το, βασικό για τους περισσότερους, Traction Control είναι παρόν, με δυνατότητα απενεργοποίησης. Το μεγάλο νέο για το μοντέλο – και αυτό που κεντρίζει φυσικά το ενδιαφέρον – είναι το νέο σύστημα E-Clutch της Honda. Η Honda ήδη έχει παίξει πολύ σε αυτή την κατεύθυνση με το DCT, που ουσιαστικά κάνει τις μοτοσυκλέτες της αυτόματες, με τον αναβάτη να μπορεί να επιλέξει ανάμεσα σε δύο Modes αλλαγής ταχυτήτων, όπου το ένα προσανατολίζεται στην οικονομία καυσίμου και το άλλο στην απόδοση. Τo E-Clutch θα μπορούσε να πει κανείς ότι αποτελεί μια «γέφυρα», ανάμεσα στα αυτόματα και στα χειροκίνητα κιβώτια ταχυτήτων. Δανείζεται στοιχεία από την λειτουργία των Quickshifter και του DCT για να παράξει αυτό το νέο σύνολο που επιτρέπει στον αναβάτη να μην χρησιμοποιεί καθόλου τη μανέτα του συμπλέκτη, ακόμα και όταν είναι σταματημένος με πρώτη στο κιβώτιο. Μπακαλίστικα, η λειτουργία του θυμίζει την αντίστοιχη των μοτέρ των παπιών. Ένα σύνολο αισθητήρων στέλνουν σήματα στην κεντρική IMU που αφορούν ένα πλήθος πληροφοριών, όπως το άνοιγμα του γκαζιού, τις στροφές και την ταχύτητα της μοτοσυκλέτας, την πίεση που ασκεί το πόδι του αναβάτη στο λεβιέ κ.α. Δύο ηλεκτρικά μοτεράκια αναλαμβάνουν τη σύμπλεξη και την αποσύμπλεξη με βάση αυτές τις πληροφορίες και συνδέονται με ένα σετ μειωτήρων στροφών που με τη σειρά τους συνδέονται με «μισογράναζα» τα οποία δουλεύουν στον ίδιο άξονα με αυτόν της μανέτας του συμπλέκτη. Όταν ο αναβάτης πατήσει τη μανέτα, το ηλεκτρονικό σύστημα παρακάμπτεται, δηλαδή τα «μισογράναζα» του E-Clutch γυρνάνε στη θέση που δεν έχουν δόντια, απεμπλέκοντας εντελώς το ηλεκτρονικό σύστημα και αφήνοντας τον αναβάτη (μέσω της χρήσης της μανέτας) να κάνει τη δουλειά, αν το επιθυμεί. Η εκ νέου ενεργοποίηση του E-Clutch γίνεται αυτόματα μετά από ελάχιστα δευτερόλεπτα, χωρίς να χρειαστεί να κάνεις εσύ κάποια κίνηση. Πέρα από την εκκίνηση και την ακινητοποίηση, η λειτουργία του E-Clutch ομοιάζει με αυτή του Quickshifter διπλής κατεύθυνσης στις υπόλοιπες αλλαγές ταχυτήτων, με τη διαφορά ότι έχεις ελαφρώς «ξερή» συμπεριφορά στα κατεβάσματα. Το κομβικό πλεονέκτημα του E-Clutch είναι το πολύ μικρό του βάρος (προσθέτει μόλις 2 κιλά στη μοτοσυκλέτα) και η δυνατότητα να προσαρμοστεί σε οποιαδήποτε μοτοσυκλέτα, χωρίς να χρειάζεται να γίνουν «μαγκαϊβεριές» για να λειτουργήσει. Ακόμα, βασικό πλεονέκτημα είναι ότι μπορείς να απενεργοποιήσεις εντελώς το σύστημα μέσω μιας επιλογής στην οθόνη, δίνοντάς σου πραγματικά ό,τι θες, όποτε το θες. Στον τομέα των επιδόσεων, οι μετρήσεις μας έδειξαν ότι το Honda CB 650R E-Clutch χρειάζεται 3,9” για να φτάσει τα 100 χλμ./ώρα και 5,6” για να επιταχύνει από τα 60 στα 120 χλμ. (με 4η στο κιβώτιο). Η μέση κατανάλωση κινήθηκε στα 5,6 λτρ./100 χλμ., ενώ σε συνθήκες ταξιδιού κατέβηκε στα 5 λίτρα.
