Ο «μικρός» βρίσκεται σε παραγωγή από την αρχή της εμφάνισης της οικογένειας MT, το 2014, και είναι το entry-level μοντέλο για όσους ανήκουν στην κατηγορία διπλωμάτων Α1. Στην καρδιά του βρίσκεται ένας υγρόψυκτος, τετραβάλβιδος κινητήρας 125cc, που αποδίδει 15 ίππους στις 10.000 σ.α.λ. και 11,5 Nm ροπής στις 8.000 σ.α.λ., ενώ από το 2021 εξοπλίστηκε και με το σύστημα μεταβλητού χρονισμού βαλβίδων (VVA) της Yamaha, το οποίο διαθέτει δύο εκκεντροφόρους εισαγωγής. Επίσης το MT-125 εξοπλίζεται με μονόδρομο συμπλέκτη ολίσθησης με υποβοήθηση, για ομαλότερα κατεβάσματα ταχυτήτων. Το πλαίσιο είναι δύο δοκών, τύπου Deltabox και επανασχεδιάστηκε επίσης το 2021, με το MT-125 να αποκτά κοντύτερο μεταξόνιο (30mm κάτω), με καινούριο ψαλίδι αλουμινίου και στόχο τη μεγαλύτερη ευελιξία. Στις αναρτήσεις βρίσκουμε ανεστραμμένο πιρούνι 41mm με διαδρομή 130mm και μοχλικό πίσω, με τη διαδρομή να φτάνει τα 110mm. Το σταμάτημα του MT-125 αναλαμβάνουν ένας υδραυλικός δίσκος 292mm μπροστά με ακτινική δαγκάνα και ένας υδραυλικός δίσκος 220mm πίσω, με το όλο σύστημα να επιβλέπεται από ABS.
Για το 2023 έγινε η τελευταία ανανέωση του MT-125, με την αλλαγή της LCD οθόνης με μια TFT, χαρίζοντας στο MT-125 τη δυνατότητα συνδεσιμότητας με κινητό τηλέφωνο και την εφαρμογή MyRide, επιτρέποντας μεταξύ άλλων και την πλοήγηση. Επίσης προστέθηκε και Traction Control στο βασικό εξοπλισμό, δίνοντας στο MT-125 παραπάνω «πόντους» στην Α1 κατηγορία.